Contrato de arrendamento com opção de venda

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Boa noite.

Uma empresa, proprietária de um imóvel, assinou um contrato de arrendamento desse mesmo imóvel para fins não habitacionais a uma outra empresa. Acontece que o imóvel em questão não está concluído, ou seja, o senhorio terminou as obras exteriores e todas as restantes obras ficam a cargo do inquilino, tendo este, por este motivo, um ano de carência no pagamento da renda. Estas informações constam do contrato.

1a questão: como o imóvel não está concluído, não tem licença de utilização e na caderneta predial ainda está identificado como terreno para construção, pode-se registar o contrato de arrendamento na AT? 

2a questão: o inquilino pagou uma caução para o caso de não cumprir com o contrato e deste modo o senhorio ficar salvaguardado. Pode-se emitir fatura desta caução? O que mencionar na mesma e quais os lançamentos contabilísticos a efetuar?

3a questão: existe uma cláusula no contrato que menciona que ao fim de uns anos, o inquilino tem a opção de compra do imóvel, sendo que ao valor de compra serão descontados todos os pagamentos efetuados até à data. Os recibos de renda, apesar desta cláusula, devem ser emitidos normalmente? Caso o inquilino compre o imóvel, como se deve proceder? O imóvel tem um valor para a venda. Porém, as rendas que foram pagas, e contabilizadas como tal, acabarão depois por ser descontadas ao valor da venda. 

Peço desculpa por me ter alongado, mas é uma questão complexa e preciso mesmo que alguém me ajude.