Declaração Trimestral IVA - Pagamento em Excesso

[BJCorreia 0]

Bom Dia a todos,

Tenho uma situação relacionada com IVA que gostaria de saber se alguém sabe resolver.
Abri atividade este ano e por desconhecimento meu submeti o pagamento de setembro (2º trimestre) com valores em excesso.
Pois declarei o valor de IVA de 4 meses, em vez de 2 no 2º trimestre, como deveria ser feito (pois eram os meses de trabalho realizados).

Na declaração automática para este trimestre (3º) o sistema está a contabilizar todos os meses desde a a abertura e a não ter em conta o que paguei em setembro. Tanto o devido (2 meses) como o que paguei em excesso (2 meses).

Alguém me pode ajudar a encontrar uma solução, que não me prejudique a mim, nem a Autoridade Tributária.
Visto não existirem declarações de substituição para pagamentos de IVA estou meio perdido.
E a Autoridade Tributária neste momento não está a ter prejuízo.

Obrigado a todos.